19 апреля 1943 года Постановлением Совнаркома СССР Управление особых отделов и Морской отдел были изъяты из ведения НКВД. На их базе образовывались Главное управление контрразведки НКО «Смерш» («Смерть шпионам») и, несколько позднее, Управление контрразведки «Смерш» Наркомата ВМФ.
Решение о создании Главного управления контрразведки «Смерш» вытекало из сложившейся к тому времени обстановки на советско-германском фронте. В это время Московская битва сорвала план «молниеносной войны». Из рук противника под Сталинградом была вырвана стратегическая инициатива. Но при этом германским спецслужбам еще не был нанесен смертельный удар. Потому на решающем этапе войны было решено объединить руководство двумя важными сферами – обороной страны и безопасностью войск.
На органы «Смерша» в данной ситуации были возложены задачи по борьбе со шпионской, диверсионной, террористической деятельностью иностранных разведок, борьбе с предательством и изменой Родине в частях и учреждениях Красной Армии, дезертирством и членовредительством на фронтах. В военной контрразведке состояло несколько тысяч человек. За годы войны членами «Смерш» было обезврежено более 30 тысяч шпионов, около трех с половиной тысяч диверсантов и свыше шести тысяч террористов. Военная контрразведка достойно выполнила все возложенные на нее задачи.